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手机短信作为一种诉讼证据，被用以证明案件事实的做法已屡见不鲜。相关的司法解释已明确将手机短信列入电子证据，新修改的民事诉讼法亦将“电子数据”纳入民事证据类型，但在司法实践中，手机短信证据认定和运用仍存在诸多问题，需待进一步解决。情综私家侦探公司总结了手机短信作为证据还存在以下的大难题。
 
一、短信主体确认难

我国推行手机号码实名制政策的时间不长，仍有许多手机用户尚未实名登记其手机号码，还有些手机号码登记的所有人与实际使用人存在不一致的情况，导致司法机关难以准确认定手机短信发送人的身份信息。

二、短信证据提取难

在实践中，除了当事人的手机外，电信运营商也是手机短信证据的重要提供者。但由于我国关于手机短信传输、存储、查询等方面的法律法规不够完善，且信息存储有一定的时效性，电信运营商基于保护客户隐私、保存成本等多种原因，往往拒绝司法机关依法提取短信证据的要求，给司法机关提取短信证据工作造成许多困难。

三、短信内容核实难

手机短信作为一种数字化电子信息，其形成、传输、存储均需借助一定的电子信息设备，不排除其在操作过程中被增减、编辑、篡改、伪造、破坏的可能性，致使司法机关难以准确认定手机短信内容的真伪。

四、短信证据固定难

手机短信证据的证明力大小主要取决于当事人是否对短信妥善的保存、是否进行证据保全，还取决于现有的短信证据能否与其他证据相互印证等。目前，尚无法律规定手机短信证据的固定形式，在对方当事人不认可短信存在的情况下，如何有效固定短信证据，这已是司法实践的一道难题。